Le SIEMN 31 est administré par un Comité de 120 délégués, élus par les conseils municipaux des communes adhérentes, à raison de 2 délégués par commune.
Les communes membres désignent également 2 délégués suppléants, appelés à siéger au Comité, avec voix délibératives, en cas d’empêchement du ou des délégués titulaires.
Le Comité se réunit au moins une fois par semestre et ses séances sont publiques.
Le Comité élit parmi ses membres son Bureau, son Président et 2 Vice-présidents.
Le Bureau comprend obligatoirement le Président, les 2 Vice-présidents ainsi que 15 autres membres représentant les différents cantons, selon l’importance de leur population.
Les 18 membres du Bureau préparent et proposent les délibérations prises par le Comité.
Le Bureau peut également délibérer par délégation du Comité sur certaines matières, à l’exception des décisions relatives au budget, aux modifications statutaires, à l’adhésion du SIEMN 31 à un établissement public et à la délégation de la gestion.